Sula leucogaster Fotografía de: A.Davey via Flickr

Preguntas Frecuentes

Estas son algunas de las preguntas mas frecuentes que respondemos desde el SiB Colombia.

Red de socios

¿Cómo registrar una organización para publicar datos en el SiB Colombia?
Para registrar su organización en el SiB Colombia y comenzar un proceso de publicación diligencie el siguiente formulario. La información registrada aquí nos permitirá contar con información básica sobre su organización y el tipo de datos a publicar. Una vez validemos la información consignada, enviaremos las credenciales para ingresar a la plataforma de publicación. Si tiene dudas sobre el proceso comuníquese directamente a sib@humboldt.org.co.
¿Se pueden publicar datos a través del SiB Colombia sin pertenecer a una organización?
El SiB Colombia es una red de organizaciones, si desea publicar datos sobre biodiversidad y no pertenece a una organización, puede contactar un grupo de investigación en una universidad, red o asociación de especialistas, para que respalden su publicación como organización. También puede hacer uso de plataformas de ciencia ciudadana como eBird o iNaturalist, los datos que se publican a través de estas plataformas eventualmente serán visibles en el SiB Colombia y GBIF.
¿Cómo actualizar la información de la organización?
Envíe un correo a sib@humboldt.org.co indicando la intención de actualizar la información de la organización e indicando los campos que desea actualizar.

Tipos de datos

¿Qué tipo de datos se publican a través del SiB Colombia?
Conoce más sobre los tipos de datos que se pueden publicar a través del SiB Colombia en el siguiente enlace.
¿Cómo publicar eventos de muestreo a través del SiB Colombia?
Conoce el modelo, procesos, herramientas y mejores prácticas para publicar datos e información a través del SiB Colombia, los cuales puedes consultar en la Guía para la publicación de datos e información. Encuentra información adicional sobre la publicación de los eventos de muestreo en el siguiente enlace.
¿Cómo publicar listas de especies a través del SiB Colombia?
Conoce el modelo, procesos, herramientas y mejores prácticas para publicar datos e información a través del SiB Colombia, los cuales puedes consultar en la Guía para la publicación de datos e información. Encuentra información adicional sobre la publicación de listas de especie en el siguiente enlace.
¿Cómo publicar registros biológicos a través del SiB Colombia?
Conoce el modelo, procesos, herramientas y mejores prácticas para publicar datos e información a través del SiB Colombia, los cuales puedes consultar en la Guía para la publicación de datos e información. En la guía conocerás las rutas para la publicación de los datos (Ruta A. Publicación de datos voluntaria y Ruta B. Publicación de datos por permiso de recolección). Para la publicación de registros biológicos debes tener en cuenta lo siguiente que pueden corresponder a observaciones o registros asociados a colecciones biológicas. En la plantilla de publicación de registros biológicos podrás ver los elementos obligatorios según el tipo de publicación.
¿Cuál es la última versión de la plantilla de publicación?
La última versión de las plantillas de publicación para registros biológicos, listas y eventos de muestreo, se encuentra disponibles en el siguiente enlace, donde también puede revisar las versiones anteriores de cada plantilla.

Extensiones

¿Puedo publicar datos moleculares a través del SiB Colombia?
Puede publicar datos basados en secuencias a través del SiB Colombia, ya sea como registros biológicos, listas de especies o eventos de muestreo. En primer lugar debe determinar el tipo de publicación para sus datos moleculares:
  • Si sus datos contienen evidencia de organismos identificados (por taxones) en un momento y lugar determinados, puede elegir un evento de muestreo o un conjunto de datos de ocurrencia.
  • Si sus datos contienen un inventario de evidencia de organismos identificados (por taxones) en un contexto dado (por ejemplo, geográfico o temático), puede elegir un conjunto de datos de lista de especies.
Tenga en cuenta que para relacionar los datos con las secuencias en sí, debe compartir el enlace a la secuencia en Genbank u otra base de datos de secuencia de nucleótidos relevante, para esto puede usar el elemento Darwin Core associatedSequences o a través de la extensión de Amplificación GGBN.
¿Cómo publicar imágenes, videos o sonidos a través del SiB Colombia?
Si lo que deseas es publicar imágenes asociadas a un registro biológico debes seguir estos pasos:
  1. Publica tus fotografías en un repositorio de imágenes, aquí incluimos algunas recomendaciones.
  2. Documenta la extensión Multimedia Simple del estándar Darwin Core para la publicación de imágenes, videos y sonidos. Aquí encontrarás un ejemplo del uso de la extensión de Simple Multimedia en una publicación.
  3. Cuando te comuniques con el SiB Colombia (sib@humboldt.org.co) para comenzar tu proceso de publicación no olvides mencionar que deseas compartir imágenes, te daremos las indicaciones que haga falta para la publicación.
¿Cómo publicar datos derivados de literatura a través del SiB Colombia?
Para publicar datos derivados de información secundaria (libros, tesis de grado, artículos, etc.) en el estándar Darwin Core (DwC) se requiere de unos elementos particulares para que los datos se puedan asociar a las fuentes de información, permitiendo la atribución y rastreo de todas las fuentes. En el siguiente documento encontrarás una guía para la publicación de este tipo de datos.
¿Cómo publicar rasgos funcionales (medidas y hechos)?
Para publicar medidas o rasgos funcionales asociados a un registros biológico, debes documentar la extensión Medidas o hechos del estándar Darwin Core.
¿Se puede publicar el estado de amenaza de una especie en el estándar Darwin Core?
En las listas de especies la categoría de amenaza se documenta en la extensión Distribución de especies estándar Darwin Core, en el elemento threatStatus, el cual cuenta con un vocabulario controlado para su documentación, que corresponde con las categorías de amenaza establecidas por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza - IUCN.

Estándar Darwin Core

¿Cómo documentar el campo DarwinCore collectionID?
Busque su colección en la lista de colecciones biológicas disponible en el Registro Nacional de Coleccciones Biológicas (RNC) y de acuerdo al número asignado documente en este campo “RNC:” + número de la colección.
  • Ejemplo: Para documentar el elemento collectionID del Herbario Federico Meden Bogotá: RNC:004
¿Cómo documentar el collectionID en el estándar Darwin Core si la colección no está registrada en el RNC?
Puede usar otros identificadores de la colección de la que procede el registro. Para especímenes; la práctica recomendada es utilizar el identificador de un índice de colección tal como el Índice de Colecciones de Biodiversidad disponible en: https://www.gbif.org/grscicoll
¿Cómo documentar las coordenadas de un transecto o parcela?
Para la documentación de las coordenadas de un transecto hay dos opciones:
  1. Documentar en los elementos decimalLatitude y decimalLongitude las coordenadas del punto medio del transecto y el elemento footprintWKT con las coordenadas iniciales y finales del transecto por ejemplo: LINESTRING (2.80151 51.28597, 2.61749 51.53950) donde indicas la geometría (LINESTRING=transecto, POLYGON=parcela) seguido de las coordenadas de cada punto del área de muestreo ( dos pares de coordenadas para transectos; mínimo cuatro pares de coordenadas para parcelas)
  2. Documentar en los elementos decimalLatitude y decimalLongitude las coordenadas del inicio del transecto y el elemento footprintWKT con las coordenadas iniciales y finales del transecto de acuerdo a las indicaciones dadas anteriormente.
Más información sobre el elemento footprintWKT en https://classroom.oceanteacher.org/mod/lesson/view.php?id=7699&pageid=342&startlastseen=yes
¿Cómo documentar los calificadores de identificación?
Los calificadores de una identificación cómo "cf." y "aff." usados para expresar las dudas del determinador sobre la identificación, se documentan en el elemento identificationQualifier del estándar Darwin Core.
  • Ejemplo 1: Para la determinación "Quercus aff. agrifolia var. oxyadenia", el calificador de la identificación sería: aff. agrifolia var. oxyadenia, con valores acompañantes "Quercus" en Género, "agrifolia" en Epíteto específico. Con "oxyadenia" en Epíteto infraspecífico, y "Variedad" en Categoría taxonómica.
  • Ejemplo 2: Para la determinación "cf. Sparassidae", el Calificador de la identificación sería: cf. Sparassidae, con los valores acompañantes "Araneae" en orden, "Araneae" en nombre científico y "Orden" en Categoría taxonómica.
¿Los nombres científicos pueden incluir sp o subsp (morfotipos)?
No, esto corresponde a la categoría taxonómica original del taxón y en el estándar Darwin Core se destina el elemento verbatimTaxonRank para la documentación de esta información.
  • Ejemplo: Para la determinación “Carollia sp.”, la categoría original del taxón (verbatimTaxonRank) sería: “sp.”, con el valor de “Carollia” en Género.
¿Cómo se documenta un subgénero?
El estándar Darwin Core cuenta con el elemento subgenus para documentar el subgénero como parte de la taxonomía superior de un registro o un taxón, este se documenta incluyendo el género para evitar confusión con homonimias.
  • Ejemplo: Género (Subgénero): Philodendron (Pteromischum), con el valor "Philodendron (Pteromischum)" en nombre científico.
¿Cómo se documentan los registros clasificados hasta Sección?
El estándar Darwin Core cuenta con el elemento infragenericEpithet para documentar los registros clasificados hasta la categoría de Sección. Para documentarlo correctamente, coloque el nombre completo (con el acrónimo sect.) en nombre científico, el género al que pertenece en el campo género, la sección en infragenericEpithet y la categoría “Sección” en Categoría taxonómica.
  • Ejemplo: Para la determinación "Anthurium sect. Calomystrium", coloque "Anthurium" en Género, "Calomystrium" en infragenericEpithet, "Anthurium sect. Calomystrium" en nombre científico y "Sección" en Categoría taxonómica.

Metadatos

¿Que son lo metadatos?
Los metadatos son información de contexto sobre los datos a publicar, para las publicaciones a través del SiB Colombia se cuenta con 12 secciones para documentar los metadatos, que incluyen:
  1. Metadatos Básicos
  2. Cobertura Geográfica
  3. Cobertura Taxonómica
  4. Cobertura Temporal
  5. Palabras Clave
  6. Partes Asociadas
  7. Datos del Proyecto
  8. Métodos de Muestreo
  9. Referencias
  10. Datos de la Colección
  11. Enlaces Externos
  12. Metadatos Adicionales
En el siguiente enlace encontrarás un video tutorial de cómo documentar los metadatos a través de la herramienta de publicación IPT y en este enlace la práctica de documentación de metadatos del Ciclo de Formación Virtual.
¿Cómo documentar los metadatos de un recurso?
En el siguiente enlace encontrarás un video tutorial de cómo documentar los metadatos a través de la herramienta de publicación IPT.
¿Por qué la citación de GBIF no es la misma que documenté en los metadatos?
En los metadatos de la publicación, las instituciones pueden proporcionar un texto recomendado para la citación de los conjuntos de datos publicados a través del SiB Colombia, y algunos optan por proporcionar información de citas en formato de texto libre. Para el Portal de datos de GBIF, el uso de citas de texto libre puede generar problemas para proporcionar una citación adecuada para el uso de los datos, debido a las malas prácticas en la construcción de las citas, información faltante, problemas de codificación, etc. Por este motivo la plataforma de GBIF sobrescribe la citación, usando un estándar incorporado en la herramienta de publicación IPT desde el 2015, que provee una forma estandarizada y consistente para la citación de los recursos. Sin embargo, en la publicación desde el IPT y el Portal de Datos del SiB Colombia, la citación corresponderá a la que el publicador documentó en los metadatos del recurso, independientemente si está se hizo en texto libre o usando la citación recomendad de GBIF. Para más información sobre esta duda diríjase a la sección de preguntas frecuentes de GBIF aquí.

Licencia y atribución

¿Cúal es la política de publicación, acceso y uso de datos del SiB Colombia?
Para más información consulte el siguiente enlace donde encontrará un documento detallado sobre el tema.
¿Qué licencia debo asignar a mí recurso?
Consulte los siguientes enlaces que lo ayudarán a decidir cuál es la mejor licencia para la publicación de sus datos.
  1. Infografía Crear Compartir Transformar - SiB Colombia
  2. Licencias para publicar a través del SiB Colombia - Creative Commons
¿Cómo construir una referencia bibliográfica para mis datos?
La herramienta de publicación en la sección de referencias, cuenta con una opción de generación de cita automática. Esta opción toma la información documentada en los metadatos, como el título, creadores del recurso, organización, etc. para crear la cita. A continuación puedes ver un ejemplo. Si su interés es generar su propia cita. No olvide desactivar la generación automática en los metadatos. La siguiente es una sugerencia para la construcción de la cita. Nombre organización (fecha de primera publicación). Título del recurso, número de registros en la publicación, aportados por: Proveedor de metadatos, Curador de la coleccción, Contacto del recurso, En línea, enlace al DOI de la publicación o enlace al IPT, última versión publicada (actualizado el: fecha de actualización)
  • Ejemplo:Universidad del Valle (2017). Colección de mamíferos de la Universidad del Valle, 5739 registros, aportados por Giraldo-López, A.(Proveedor de los Metadatos), Murillo García O.E.(Curador de la colección, Contacto del recurso, Proveedor de los Metadatos), Arenas, D. & Ruano, L,(Creador del recurso), En línea, http://doi.org/10.15472/jzume7, versión 7.2. (actualizado el 12/09/2018).
Se recomienda que las partes (personas e instituciones) involucradas en la generación de los datos sean reconocidas en los metadatos, idealmente como creadores del recurso en la sección de metadatos básicos (si se consideran autores del recurso) o en partes asociadas (si estuvieron involucradas en la generación del recurso pero no se consideran autores).
¿Cómo citar un recurso publicado a través del SiB Colombia?
Si usaste los datos de un recurso publicado a través del SiB Colombia, puedes citar buscando la sección ¿Cómo referenciar? en los metadatos del recurso, ahí encontrarás la cita según lo definió el publicador de los datos. La recomendación es siempre incluir el DOI del recurso en la citación. Recurso: Tití Gris (Saguinus leucopus) en remanentes de bosque de los departamentos de Caldas y Antioquia Citación: Valencia L M (2017): Tití Gris (Saguinus leucopus) en remanentes de bosque de los departamentos de Caldas y Antioquia. v2.0. Asociación Primatológica Colombiana. Dataset/Occurrence.http://doi.org/10.15472/hqsgcu
¿Qué es un DOI de publicación?
DOI es la sigla para Digital Object Identifier (Objeto de identificación digital), y consiste en un enlace permanente y abreviado que permite identificar un contenido electrónico, en este caso un recurso publicado a través del SiB Colombia. Todos los recursos publicados a través del SiB Colombia tienen asignados un DOI proporcionado por la agencia de registro Datacite.
Beneficios de la asignación de un DOI a la publicación:
  • Permite localizar fácilmente el recurso publicado desde la citación
  • Permite el rastreo del uso de los datos asociados al recurso

Visibilidad

¿Dónde puedo ver los datos publicados a través del SiB Colombia?
Los datos dispuestos a través del SiB Colombia son visibles y pueden ser consultados a través de las siguientes instancias.

Actualizaciones

¿Se pueden hacer modificaciones a los datos una vez sean publicados?
Sí, puedes agregar, corregir o eliminar información a nivel de datos y metadatos las veces que sea necesario. El IPT se encargará de versionar los cambios realizados en el recurso. El proceso es similar al de publicación, ya que involucra la carga de un nuevo archivo con la versión más reciente de los datos y la edición de metadatos. Recuerda que si cuentas con credenciales del SiB Colombia en el IPT, puedes acceder al recurso y realizar los cambios, al final debes notificar al SiB Colombia sobre la actualización para proceder con la publicación.

Fichas de especies

¿Cómo puedo aportar a la construcción de fichas de especies para el CBC?
Para aportar a la construcción de una ficha, debe enviar un correo a sib@humboldt.org.co indicando su intención y una lista en excel de las especie(s) para las cuales desea aportar ficha, para mas información diríjase al enlace. Después de esto, el equipo coordinador lo guiará en los siguientes pasos:
  1. Documentación de fichas en la plantilla
  2. Acceso a editor y capacitación en el uso de la herramienta
¿Cuál es el estándar usado para la construcción de fichas de especies?
Plinian Core es el estándar que tiene por objeto facilitar el intercambio de información sobre especies y taxones superiores. El principal potencial de dicho estándar es la flexibilidad a la hora de representar esta información, pudiendo cada institución tener su propio Perfil de Aplicación, el cual tiene que cumplir las reglas marcadas pro el Modelo Abstracto . De esta forma se puede ajustar a las necesidades específicas de cada organización. Están incluidos todo tipo de términos relacionados con las características y rasgos de un taxón (biológicos o no). Consulte más acerca del estándar en el nodo de España para GBIF y en el repositorio de GitHub de TDWG para el estándar.

Certificado de reporte

¿Qué es el modelo de reporte?
El SiB Colombia facilita la publicación y reporte de múltiples datos, entre ellos los datos asociados a permisos de recolección de especímenes de especies silvestre de acuerdo a los Decretos 1376 y 3016 de 2013 hoy compilados en el decreto 1076 de 2015, mediante este modelo se hace posible la publicación de estos datos.
¿Cómo puedo obtener el certificado de reporte a través del SiB Colombia de los especímenes derivados de un permiso de colecta?
En este enlace podrás encontrar información sobre los pasos a seguir para la publicación de datos asociados a permisos de recolección.
¿En cuáles casos debo reportar datos a través del SiB Colombia?
Cando los datos asociados y derivados de salidas de campo amparadas por un permiso de recolección o contrato de acceso a recursos genéticos, como parte de lo establecido en los Decretos 1376 y 3016 de 2013 hoy compilados en el decreto 1076 de 2015 y de acuerdo a lo establecido en los mismos. El titular del permiso deberá realizar el reporte de las colectas temporales y definitivas que hayan tenido lugar en la actividad de campo.
¿Puedo reportar datos sobre biodiversidad y obtener los beneficios del modelo de publicación?
Sí, el Equipo Coordinador del SiB Colombia brinda el apoyo requerido a los titulares permisos de recolección que deseen publicar sus datos con los beneficios del modelo voluntario, lo anterior garantizando el cumplimiento de la norma y la expedición del certificado de publicación
¿Si los especímenes recolectados no son recibidos por ninguna colección, los debo reportar?
Sí, la disposición final de los especímenes no afecta el reporte de los mismos.
Las colecciones que contacté no están interesadas en recibir los ejemplares, ¿qué debo hacer?
Para estos casos es necesario contactar con el equipo del http://rnc.humboldt.org.co/wp/, quienes le indicarán al titular del permiso la disposición final que deben darle a los especímenes que no fueron recibidos en ninguna colección biológica.
¿Dónde puedo consultar las colecciones que están registradas para depositar los especímenes?
El listado de colección registradas ante el Registro Único Nacional de Colecciones coordinado por el Instituto Humboldt, lo puede encontrar en: http://rnc.humboldt.org.co/
¿Cómo publicar datos de especímenes preservados y depositados en una colección biológica?
Las colecciones solo pueden publicar los datos como especímenes preservados; mientras que quienes realizan la recolección - y no pertenecen a la colección- deben publicar la recolecta como una observación humana y con suficiente información para conocer que el espécimen se depositó en una colección. Si perteneces a una entidad que colecta pero no posee una colección sigue estas indicaciones:
  1. 1. En los datos del recurso.
    • Documentar el elemento basisOfRecord para todos los registros como “HumanObservation”.
    • Documentar el elemento type como “Event”.
    • Documentar el elemento disposition como “En colección”, haciendo uso del vocabulario controlado de este elemento.
    • Documentar el campo preparations como “Colecta Definitiva” seguido por el tipo de preparación.
    • Documentar el elemento collectionCode con el código de la colección donde se depositaron los especímenes.
    • Si la colección ya le entregó el número de catálogo definitivo del espécimen en la colección. Documentar el elemento catalogNumber con el número asignado en la colección. Sino es el caso deje este elemento vacío.
    • Documentar el elemento CollectionID con el código del GBIF Registry of Scientific Collections o del Registro Nacional de colecciones.
    • Si la colección ya le entregó el número de catálogo definitivo del espécimen en la colección. Documentar el elemento catalogueNumber con el número asignado en la colección. Sino es el caso deje este elemento vacío.
  2. 2. En los metadatos del recurso.
    • Metadatos básicos: Documentar Subtipo como “Observación”.
    • Palabras clave: “PERMISO_COLECTA”
    • Datos de la colección: Documentar todas las colecciones donde haya depositado los especímenes, de acuerdo al Registro Nacional de Colecciones.
Si perteneces a una colección biológica sigue estas indicaciones:
  1. En los datos del recurso.
    • Documentar el elemento basisOfRecord para todos los registros como “PreservedSpecimen”, “LivingSpecimen ” para colecciones vivas, o “MaterialSample para colecciónes de tejidos”.
    • Documentar el elemento type como “PhysicalObject”.
    • Documentar el elemento disposition como “En colección”, o haciendo uso del vocabulario controlado de este elemento.
    • Documentar el elemento collectionCode con el código de la colección donde se depositaron los especímenes.
    • Documentar el elemento CollectionID con el código del GBIF Registry of Scientific Collections o del Registro Nacional de colecciones.
    • Documentar el elemento catalogNumber con el número asignado en la colección. Este elemento no puede estar vacío. Si aún no se ha catalogado puede registrar un número de catálogo provisional y actualizar la publicación una vez tenga los número de catálogo definitivos.
    • Documentar el elemento datasetID con la información del permiso de marco de recolección o la amnistía de la colección
  2. En los metadatos del recurso.
    • Metadatos básicos: Documentar Subtipo como “Ejemplar”.
    • Palabras clave: “Colección biológica, PERMISO_COLECTA”
    • Datos de la colección: Documente la información de la colección de acuerdo al Registro Nacional de Colecciones.

Otras

¿Qué es el estándar Darwin Core?
Es uno de los estándares más consolidados y conocidos a nivel global y ofrece una estructura estable, directa y flexible para consolidar y compartir datos de biodiversidad de distintas fuentes. El Darwin Core fue desarrollado originalmente por la comunidad de Biodiversity Information Standards (antes TDWG: Taxonomic Data Working Group), como un estándar de datos de biodiversidad desarrollado por una comunidad en evolución. Desempeña un papel fundamental al compartir, usar y reusar los datos de biodiversidad de libre acceso y en la actualidad representa cientos de millones de registros de presencia de especies disponibles. El Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia - SiB Colombia, adopta principalmente el estándar Darwin Core para publicar datos primarios de biodiversidad. El Darwin Core consta de un glosario de 169 elementos que intenta facilitar la forma como se documentan y comparten los datos sobre biodiversidad. Para conocer con más detalle los elementos del estándar puedes revisar la Guía de referencia rápida del estándar Darwin Core, donde encontrarás la definición de los elementos y ejemplos de su documentación adaptados al marco nacional.
¿Qué es un archivo DwC-A y que contiene?
Este es el formato de archivo de intercambio de datos más utilizado en la red GBIF, y consiste en un archivo comprimido que contiene:
  • Un archivo de datos de ocurrencia: un archivo de datos separado por tabulaciones que contiene según el tipo de publicación, los registros (occurrence.txt), especies (taxon.txt) o eventos (event.txt), asociados a la publicación.
  • Un archivo de metadatos, "eml.xml": este archivo xml almacena toda la información que describe el contenido del conjunto de datos descargado.
  • Un archivo de metadatos de descriptor, "meta.xml": este archivo xml describe la estructura del archivo Darwin Core para que el software pueda procesar todo el archivo automáticamente.
  • Archivos de extensiones: Si la publicación contaba con extensiones Darwin Core, estas también se incluyen dentro del archivo DwC-A. El nombre del archivo varía según la extensión, algunos ejemplos son multimedia.txt, measurementorfact.txt, description.txt, resourcerelationship.txt, distribution.txt.
¿Cómo puedo abrir un archivo DwC-A en excel?
Para abrir archivos de datos separados por tabuladores ".txt" mediante cualquier procesador de hoja de cálculo (por ejemplo, MS Excel, OpenOffice Calc) o software de base de datos de escritorio (por ejemplo, MS Access), importe los datos seleccionando las opciones "delimitado por tabulaciones", CSV, "archivo de texto" o cualquier opción similar. Si se le pide que seleccione un "estándar de codificación" o un "conjunto de caracteres", elija "Unicode, UTF-8".
NOTA: No intente hacer doble clic en los archivos, ya que .txt es una extensión muy genérica y probablemente tendrá asociado un visor de texto genérico.
Si tiene curiosidad sobre el contenido de los archivos ".xml", normalmente pueden ser interpretados por los navegadores web: simplemente arrastre y suelte el archivo en una ventana del navegador web. Necesitará un software especial si, por algún motivo, desea editar estos archivos manualmente, aunque esto no es recomendado.